ናት ሜድ | የተቀናጀ እጢን ለመቅረጽ የብዙ ኦሚክስ አቀራረብ

ናት ሜድ | የኮሎሬክታል ካንሰርን የተቀናጀ እጢ፣ በሽታ የመከላከል እና የማይክሮባዮሎጂ ገጽታን ለመቅረጽ የብዙ-ኦሚክስ አቀራረብ የማይክሮባዮም በሽታ የመከላከል ስርዓትን ያሳያል።
ምንም እንኳን የአንደኛ ደረጃ የአንጀት ካንሰር ባዮማርከሮች በቅርብ ዓመታት ውስጥ በስፋት የተጠኑ ቢሆኑም፣ አሁን ያሉት ክሊኒካዊ መመሪያዎች በእጢ-ሊምፍ ኖድ-ሜታስታሲስ ደረጃ ላይ ብቻ የተመሰረቱ እና የዲኤንኤ አለመመጣጠን ጥገና (MMR) ጉድለቶችን ወይም የማይክሮ ሳተላይት አለመረጋጋትን (ኤምኤስአይ) መለየት (ከመደበኛ የፓቶሎጂ ምርመራ በተጨማሪ) ) የሕክምና ምክሮችን ለመወሰን. በካንሰር ጂኖም አትላስ (TCGA) የኮሎሬክታል ካንሰር ስብስብ እና በታካሚ ህልውና ውስጥ በጂን አገላለጽ ላይ በተመሰረቱ የበሽታ መከላከያ ምላሾች፣ ማይክሮቢያዊ መገለጫዎች እና ዕጢ ስትሮማ መካከል ግንኙነት አለመኖሩን ተመራማሪዎች ጠቁመዋል።

ምርምር እየገፋ ሲሄድ የአንደኛ ደረጃ የኮሎሬክታል ካንሰር መጠናዊ ባህሪያት፣ የካንሰር ሴሉላር፣ የበሽታ መከላከያ፣ የስትሮማል ወይም የካንሰር ማይክሮቢያል ተፈጥሮን ጨምሮ ከክሊኒካዊ ውጤቶች ጋር በእጅጉ እንደሚዛመድ ሪፖርት ተደርጓል፣ ነገር ግን ግንኙነታቸው በታካሚው ውጤት ላይ እንዴት እንደሚጎዳ ግንዛቤ አሁንም ውስን ነው። .
በፌኖታይፒክ ውስብስብነት እና በውጤት መካከል ያለውን ግንኙነት ለመለየት በኳታር የሲድራ የሕክምና ምርምር ተቋም የተመራማሪዎች ቡድን በቅርብ ጊዜ የተቀናጀ ውጤት (mICRoScore) በማዘጋጀት ጥሩ የመዳን ደረጃ ያላቸውን ታካሚዎች የማይክሮባዮሜት ባህሪያትን እና የበሽታ መከላከያ አለመቀበልን በማጣመር አረጋግጧል። ቋሚዎች (ICR). ቡድኑ 348 የመጀመሪያ ደረጃ የኮሎሬክታል ካንሰር ካለባቸው በሽተኞች አር ኤን ኤ ተከታታይ ዕጢዎች እና የተዛመደ ጤናማ የኮሎሬክታል ቲሹ፣ ሙሉ ቅደም ተከተል፣ ጥልቅ ቲ-ሴል ተቀባይ እና 16S የባክቴሪያ አር ኤን ኤ ጂን ቅደም ተከተል፣ በሙሉ እጢ የተደገፈ ትኩስ የቀዘቀዙ ናሙናዎችን አጠቃላይ የጂኖሚክ ትንተና አድርጓል። ማይክሮባዮምን የበለጠ ለመለየት የጂኖም ቅደም ተከተል። ጥናቱ በተፈጥሮ ህክምና ውስጥ "የተቀናጀ እጢ, የበሽታ መከላከያ እና ማይክሮባዮም አትላስ ኦፍ ኮሎን ካንሰር" ተብሎ ታትሟል.

በተፈጥሮ ህክምና የታተመ ጽሑፍ

የAC-ICAM አጠቃላይ እይታ

ተመራማሪዎች ያለስልታዊ ህክምና የኮሎን ካንሰር ሂስቶሎጂያዊ ምርመራ ካላቸው ታካሚዎች ትኩስ የቀዘቀዙ እጢ ናሙናዎችን እና ተዛማጅ ጤናማ የአንጀት ቲሹ (ዕጢ-መደበኛ ጥንዶች) ለመተንተን orthogonal ጂኖሚክ መድረክን ተጠቅመዋል። ሙሉ-ኤክሞም ሴኬቲንግ (WES)፣ አር ኤን ኤ ሴክ ዳታ የጥራት ቁጥጥር እና የማካተት መስፈርትን በማጣራት ከ348 ታካሚዎች የተገኘው የጂኖሚክ መረጃ ተይዞ ለታችኛው ተፋሰስ ትንተና በ4.6 ዓመታት አማካይ ክትትል ጥቅም ላይ ውሏል። የምርምር ቡድኑ ይህንን ሃብት ሲድራ-LUMC AC-ICAM፡ የበሽታ-ካንሰር-ማይክሮባዮም መስተጋብር ካርታ እና መመሪያ (ምስል 1) የሚል ስም ሰጥቶታል።

ICR በመጠቀም ሞለኪውላዊ ምደባ

ለቀጣይ የካንሰር የበሽታ መከላከያ ክትትል (ICR) የተባለ የበሽታ መከላከያ ጄኔቲክ ማርከርን በመያዝ፣ የምርምር ቡድኑ ሜላኖማ፣ የፊኛ ካንሰርን እና የተለያዩ የካንሰር ዓይነቶችን ወደሚሸፍነው ባለ 20 ጂን ፓነል በማዋሃድ ICRን አመቻችቷል። የጡት ካንሰር. ICR የጡት ካንሰርን ጨምሮ በተለያዩ የካንሰር ዓይነቶች ከበሽታ መከላከያ ህክምና ምላሽ ጋር ተቆራኝቷል።

በመጀመሪያ፣ ተመራማሪዎቹ የAC-ICAM ቡድንን የIC-ICAM ፊርማ አረጋግጠዋል፣ በ ICR ጂን ላይ የተመሰረተ የትብብር አመዳደብ ዘዴን በመጠቀም ቡድኑን በሶስት ክላስተር/የበሽታ መከላከያ ንዑስ ዓይነቶች ለመከፋፈል፡- ከፍተኛ ICR (ትኩስ ዕጢዎች)፣ መካከለኛ ICR እና ዝቅተኛ ICR (ቀዝቃዛ) ዕጢዎች) (ምስል 1 ለ). ተመራማሪዎች ከኮንሰንሰስ ሞለኪውላር ንዑስ ዓይነቶች (ሲኤምኤስ) ጋር የተዛመደ የበሽታ መከላከያ ዝንባሌን ለይተው ገልጸዋል፣ በጽሑፍ-ተኮር የኮሎን ካንሰር ምደባ። የCMS ምድቦች CMS1/immune፣ CMS2/ ቀኖናዊ፣ CMS3/ሜታቦሊክ እና CMS4/mesenchymal ያካትታሉ። ትንታኔ እንደሚያሳየው የ ICR ውጤቶች በሁሉም የሲኤምኤስ ንዑስ ዓይነቶች ውስጥ ከተወሰኑ የካንሰር ሴል መንገዶች ጋር አሉታዊ በሆነ መልኩ የተዛመዱ ናቸው, እና ከበሽታ መከላከያ መከላከያ እና ከስትሮማል ጋር የተያያዙ አወንታዊ ግንኙነቶች በ CMS4 እጢዎች ላይ ብቻ ተስተውለዋል.

በሁሉም የሲኤምኤስ፣ የተፈጥሮ ገዳይ (NK) ሴል እና ቲ ሴል ንኡስ ስብስቦች በብዛት በ ICR ከፍተኛ የበሽታ መከላከያ ንዑስ ዓይነቶች ከፍተኛ ነበር፣ በሌሎች የሉኪዮተስ ንዑስ ክፍሎች ውስጥ የበለጠ ተለዋዋጭነት (ምስል 1 ሐ)።ICR የበሽታ መከላከያ ንዑስ ዓይነቶች የተለያዩ OS እና PFS ነበሯቸው። በ ICR ከዝቅተኛ ወደ ከፍተኛ (ምስል 1 ዲ) ፣ በኮሎሬክታል ካንሰር ውስጥ የ ICR ትንበያ ሚናን ያረጋግጣል።

ምስል 1. AC-ICAM የጥናት ንድፍ, በሽታን የመከላከል-ነክ የጂን ፊርማ, የበሽታ መከላከያ እና ሞለኪውላዊ ንዑስ ዓይነቶች እና መትረፍ.
ICR በዕጢ የበለጸጉ፣ በክሎናል የተጨመሩ ቲ ሴሎችን ይይዛል
ለዕጢ አንቲጂኖች (ከ 10 በመቶ ያነሰ) የተወሰኑ የቲ ህዋሶች ሰርጎ መግባት ያለባቸው ጥቂቶች ብቻ ናቸው። ስለዚህ አብዛኛዎቹ የውስጠ-እጢ ቲ ህዋሶች ተመልካች ቲ ሴሎች (ባይስተንደር ቲ ሴሎች) ይባላሉ። ከተለመዱት የቲ ህዋሶች ቁጥር ጋር ምርታማ TCRs ያለው በጣም ጠንካራ ግንኙነት በስትሮማ ሴል እና ሉኪዮትስ ንዑስ ህዝቦች (በአር ኤን ኤ-ሴክ የተገኘ) የቲ ሴል ንዑስ ስብስቦችን ለመገመት ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል (ምስል 2 ሀ)። በ ICR ስብስቦች (አጠቃላይ እና የሲኤምኤስ ምደባ) ከፍተኛው የበሽታ መከላከያ SEQ TCRs በ ICR-high እና CMS ንዑስ ዓይነት CMS1/immune ቡድኖች (ምስል 2c) ከፍተኛ መጠን ያለው የ ICR-ከፍተኛ እጢዎች ታይቷል። ሙሉውን ትራንስክሪፕት በመጠቀም (18,270 ጂኖች)፣ ስድስት ICR ጂኖች (IFNG፣ STAT1፣ IRF1፣ CCL5፣ GZMA፣ እና CXCL10) ከTCR ተከላካይ SEQ clonality (ምስል 2d) ጋር በጥሩ ሁኔታ ከተያያዙት አስር ምርጥ ጂኖች መካከል ናቸው። ImmunoSEQ TCR ክሎኒቲቲ ዕጢ ምላሽ ሰጪ ሲዲ8+ ማርከሮች (ምስል 2f እና 2g) በመጠቀም ከታዩት ትስስሮች ይልቅ ከአብዛኛዎቹ የአይሲአር ጂኖች ጋር ተያይዟል። ለማጠቃለል፣ ከላይ ያለው ትንታኔ እንደሚያመለክተው የአይሲአር ፊርማ በዕጢ የበለፀጉ፣ ክሎኒካል አምፕሊፋይድ ቲ ሴሎች መኖራቸውን እንደሚይዝ እና ትንበያውን ሊያብራራ ይችላል።

ምስል 2. የ TCR መለኪያዎች እና ከበሽታ መከላከያ-ነክ ጂኖች, የበሽታ መከላከያ እና ሞለኪውላዊ ንዑስ ዓይነቶች ጋር ያለው ግንኙነት.
በጤናማ እና በኮሎን ካንሰር ቲሹዎች ውስጥ የማይክሮባዮሚ ቅንብር
ተመራማሪዎቹ ከተዛማጅ እጢ እና ከጤናማ ኮሎን ቲሹ ከ246 ታካሚዎች የወጣውን ዲኤንኤ በመጠቀም የ16S አር አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል አከናውነዋል (ምስል 3 ሀ)። ለማረጋገጫ፣ ተመራማሪዎቹ ከተጨማሪ 42 የቲዩመር ናሙናዎች የ16S አር ኤን ኤ ዘረ-መል (ጅን) ቅደም ተከተል መረጃን ለመተንተን ከመደበኛው ዲ ኤን ኤ ጋር ተንትነዋል። በመጀመሪያ፣ ተመራማሪዎቹ በተመጣጣኝ ዕጢዎች እና ጤናማ የአንጀት ቲሹ መካከል ያለውን አንጻራዊ የዕፅዋት ብዛት አነጻጽረዋል። ከጤናማ ናሙናዎች (ምስል 3a-3d) ጋር ሲነፃፀር ክሎስትሮዲየም ፐርፊንጅስ በእጢዎች ውስጥ በከፍተኛ ሁኔታ ጨምሯል. በእብጠት እና በጤና ናሙናዎች መካከል በአልፋ ልዩነት (በአንድ ናሙና ውስጥ ያሉ ልዩ ልዩ እና የተትረፈረፈ) ልዩነት አልነበረም፣ እና ከ ICR-ዝቅተኛ እጢዎች አንፃር በ ICR-ከፍተኛ ዕጢዎች ላይ መጠነኛ የሆነ የጥቃቅን ተህዋሲያን ልዩነት ታይቷል።
በማይክሮባዮል መገለጫዎች እና ክሊኒካዊ ውጤቶች መካከል ክሊኒካዊ ተዛማጅነት ያላቸውን ግንኙነቶች ለማወቅ ተመራማሪዎቹ 16S አር ኤን ኤ የጂን ቅደም ተከተል መረጃን በመጠቀም መትረፍን የሚተነብዩ የማይክሮባዮም ባህሪያትን ለመለየት አስበው ነበር። በAC-ICAM246፣ ተመራማሪዎቹ MBR ክላሲፋየሮች (ምስል 3f) የሚባሉ 41 ባህሪያትን ከዜሮ-ያልሆኑ ውህደቶች (ከልዩ የሞት አደጋ ጋር የተቆራኘ) የመረጠውን የOS Cox regression ሞዴል ሮጡ።
በዚህ የሥልጠና ቡድን (ICAM246) ዝቅተኛ የMBR ውጤት (MBR<0፣ዝቅተኛ MBR) ከዝቅተኛው የሞት አደጋ (85%) ጋር ተቆራኝቷል። ተመራማሪዎች በዝቅተኛ MBR (አደጋ) እና በረጅም ጊዜ ስርዓተ ክወና በሁለት ገለልተኛ የተረጋገጠ የጋራ ስብስቦች (ICAM42 እና TCGA-COAD) መካከል ያለውን ግንኙነት አረጋግጠዋል። (ስእል 3) ጥናቱ በእብጠት እና በጤናማ ኮሎን ቲሹ ተመሳሳይ በሆኑት በ endogastric cocci እና MBR ውጤቶች መካከል ጠንካራ ትስስር አሳይቷል።

ምስል 3. ማይክሮባዮም በእጢ እና ጤናማ ቲሹዎች እና ከ ICR እና ከታካሚ መትረፍ ጋር ያለው ግንኙነት.
ማጠቃለያ
በዚህ ጥናት ውስጥ ጥቅም ላይ የዋለው የብዙ ኦሚክስ አቀራረብ በኮሎሬክታል ካንሰር ውስጥ ያለውን የበሽታ መቋቋም ምላሽ ሞለኪውላዊ ፊርማ በደንብ ለማወቅ እና ለመተንተን ያስችላል እና በማይክሮባዮም እና በበሽታ መከላከያ ስርአቱ መካከል ያለውን ግንኙነት ያሳያል። ጥልቅ የTCR ቅደም ተከተል ዕጢ እና ጤናማ ቲሹዎች እንደሚያሳዩት የ ICR ትንበያ ውጤት በዕጢ የበለፀገ እና ምናልባትም ዕጢ አንቲጂን-ተኮር ቲ ሴል ክሎኖችን ለመያዝ ባለው ችሎታ ሊሆን ይችላል።

በAC-ICAM ናሙናዎች ውስጥ 16S rRNA ዘረ-መል (ጅን) ቅደም ተከተል በመጠቀም የእጢ ማይክሮባዮም ስብጥርን በመተንተን፣ ቡድኑ ጠንካራ የመገመቻ እሴት ያለው የማይክሮባዮም ፊርማ (MBR ስጋት ነጥብ) ለይቷል። ምንም እንኳን ይህ ፊርማ ከዕጢ ናሙናዎች የተገኘ ቢሆንም፣ በጤናማ ኮሎሬክተም እና ዕጢ MBR ስጋት ነጥብ መካከል ጠንካራ ትስስር ነበረ፣ ይህ ፊርማ የታካሚዎችን አንጀት ማይክሮባዮም ስብጥር ሊይዝ እንደሚችል ይጠቁማል። የICR እና የMBR ውጤቶችን በማጣመር፣ የአንጀት ካንሰር ባለባቸው ታማሚዎች ህልውናን የሚተነብይ የብዝሃ-ኦሚክ ተማሪ ባዮማርከርን መለየት እና ማረጋገጥ ተችሏል። የጥናቱ የብዝሃ-ኦሚክ መረጃ ስብስብ የአንጀት ካንሰር ባዮሎጂን በተሻለ ሁኔታ ለመረዳት እና ግላዊ የሆኑ የሕክምና ዘዴዎችን ለማግኘት ይረዳል።

ዋቢ፡
Roelands, J., Kuppen, PJK, አህመድ, EI እና ሌሎች. የተቀናጀ እጢ፣ የበሽታ መከላከያ እና የአንጀት ካንሰር ማይክሮባዮም አትላስ። ናት ሜድ 29፣ 1273–1286 (2023)።